Создан в 1996 году в результате объединения двух любительских клубов «Новатор» и «Родина», выступавших в первенстве города и Московской области. Первым президентом клуба был его создатель, глава Химкинского района Юрий Кораблин. Первым тренером клуба стал Владимир Штапов. В дебютном сезоне выступал в КФК, выиграл сначала турнир в своей зоне («Центр (Подмосковье А)»), а затем и финальный турнир КФК, где играли лучшие клубы разных зон.[2][3] Тем самым клуб получил право играть в третьей лиге, где в следующем сезоне (1997) занял 2-е место в 3-й зоне, объединявшей клубы Москвы и Подмосковья, и вышел во вторую лигу. В 2000 году тренером стал Виктор Папаев, известный в прошлом полузащитник «Спартака». Ему удалось вывести команду в первый дивизион; хотя сначала «Химки» уступили это право «Северстали» в стыковых матчах за счёт гостевых мячей, однако «Северсталь» играть в первом дивизионе отказалась.
Во время пребывания в первом дивизионе команду постоянно лихорадило, менялись тренеры, руководство клуба. В 2004 году президентом клуба стал Владимир Стрельченко, который серьёзно взялся за дело, тренировать команду пришёл Павел Яковенко, в составе стали появляться именитые футболисты, такие, как Георгий Ломая, Александр Данишевский, Виталий Гришин, Павел Погребняк, Андрей Тихонов, Владимир Бесчастных, Роман Березовский, Юрий Дроздов. В сезоне 2005 года клуб вышел в финал Кубка России, где в упорной борьбе уступил московским армейцам.
В конце сезона 2005 года за два тура до финиша первенства, когда стало ясно, что с задачей выхода в высшую лигу справиться не удалось, был отзаявлен вице-президент клуба Андрей Червиченко, который являлся соинвестором клуба. После окончания первенства, вместе с ним ушла большая группа футболистов, а также и главный тренер Павел Яковенко. В сезоне 2006 года клуб практически полностью обновил состав, главным тренером был назначен Владимир Казачёнок.
В сезоне 2006 года клуб стал победителем чемпионата России в Первом дивизионе, обыграв в последнем туре краснодарскую «Кубань» и вышел в Премьер-лигу.
5 сентября 2007 года руководством клуба была принята отставка главного тренера команды Владимира Александровича Казачёнка. Перед матчем 13-го тура с санкт-петербургским «Зенитом» Казачёнок был госпитализирован с диагнозом «гипертонический криз», но спустя время после амбулаторного лечения он всё-таки вернулся к работе. Через некоторое время он опять почувствовал ухудшение своего состояния, и врачи рекомендовали ему обратить внимание на своё здоровье. Исходя из этого, Владимир Александрович принял решение оставить пост главного тренера команды.
8 сентября 2007 г. руководством ФК «Химки» в лице генерального директора Михаила Щеглова был подписан контракт сроком на 2,5 года с сербским тренером Славолюбом Муслиным, ранее работавшим с московским «Локомотивом».
11 ноября 2007 года ФК «Химки» в последнем туре чемпионата принимали на своём поле самарские «Крылья Советов» и выиграли у них со счётом 4:1, тем самым обеспечив себе 9-е место в чемпионате России.
В апреле 2008 года за неудовлетворительные результаты в чемпионате России Муслин был уволен. На его место в мае был назначен Сергей Юран. 16 ноября 2008 года, победив на выезде «Спартак-Нальчик» со счётом 1:2, «Химки» вышли из зоны вылета, где до того находились весь сезон, заняв 14-е место в турнирной таблице и обеспечив себе прописку в Премьер-Лиге на 2009 год.
В начале декабря 2008 года властями Московской области было сообщено о принятии решения об объединении ФК «Химки» и ФК «Сатурн» Раменское в связи с тяжёлым финансовым положением в регионе, которое вызвано экономическим кризисом.
Однако через несколько дней стали поступать сообщения о продолжении выступлений ФК «Химки» в низшем дивизионе или в премьер-лиге. 11 декабря Правительство Московской области, являющееся основным спонсором клуба, всё-таки нашло сумму в размере 300 млн рублей, необходимую для выступления клуба в премьер-лиге.
15 декабря 2008 года была утверждена кандидатура нового главного тренера команды, им стал Константин Сарсания. Срок соглашения рассчитан на 2 года. 19 сентября 2009 года он был уволен с поста главного тренера ФК «Химки» с формулировкой «из-за неудовлетворительных показателей команды».
В сезоне 2009 «Химки» смогли одержать первую победу лишь в 13-м туре, обыграв на своём поле ФК «Сатурн» Раменское со счётом 1:0. Так же стоит отметить, что последняя победа (всего две) была одержана спустя два тура, где со счетом 2:0 Химки обыграли Амкар.
После крупного поражения от московского «Спартака» 24 октября 2009 года «Химки» потеряли шансы на спасение от вылета из премьер-лиги.
