Команда была основана как «Буревестник» в 1957 году, в дебютном сезоне заняла 3 место в Классе «Б» (Дальневосточная зона) чемпионата СССР. В чемпионатах СССР выступала:
Класс «Б» (различные зоны) — 1957—1965
Вторая группа «А» (различные подгруппы) — 1966—1970
Вторая лига (различные зоны) — 1971—1989
Вторая низшая лига, 10 зона — 1990—1991

В Кубке СССР наивысшим достижением стал выход в 1/8 финала в розыгрыше 1959-60.

После образования чемпионатов России команда получила место в Первой лиге (Восток), заняла 7 место в 1992 году. Следующий сезон сложился неудачно, и команда вылетела во Вторую лигу. Проведя там 4 сезона, в 1997 году выиграла турнир, вернувшись в Первый дивизион. Следующие 7 сезонов клуб провел во второй по значимости лиге, с каждым годом улучшая итоговый результат, пока в 2004 году не занял второе место, дающее право выступлений в российской премьер-лиге.

В дебютный 2005 год «Томь» заняла 10-е место, в 2006 году команда улучшила свою позицию, заняв 8-е место и набрав 41 очко.

В Кубке России лучшим результатом стал выход в полуфинал в розыгрыше 2007-2008 гг.

Символика клуба

Эмблема клуба в 1996—2007 гг

Цвета клуба — зелёный и белый, использующиеся также в изображениях герба и флага города Томска. Основная форма команды — полностью зелёная с отделкой белого цвета. В качестве резервной используется форма тёмно-синей расцветки. Ранее команда нередко также выходила на поле в полностью белой форме либо же в белых футболках и чёрных трусах.

В 1996 году была разработана первая эмблема клуба, основными элементами которого были щит зеленого и желтого цветов, разделённый белой буквой «Т» со стилизованой надписью «Футбольный клуб „Томь“, а также изображением белого вставшего на дыбы коня (элемент городского герба Томска). Щит обрамляли ленты голубого цвета с указанием даты основания клуба — 1957, а также девиза Sui Generis (лат. Единственный в своём роде).

16 января 2008 года руководством клуба был представлен новый логотип, сохранивший основные элементы прежней эмблемы, но выполненный в ином дизайне.[1] Цветовое решение было изменено — цвета стали более тёмными, изчезли элементы жёлтого цвета, лента с девизом стала чёрной, а разделяющяя щит буква „Т“ — синей. Щит эмблемы стал уже, по краям его окаймляют зубцы более тёмного оттенка.

Клубные рекорды

Самая крупная победа: „Динамо“ Якутск — 9:1 (1995), „Сахалин“ Холмск — 8:0 (1993), „Спартак“ Нальчик — 8:0 (1998).

Самое крупное поражение: „Темп“ Барнаул — 0:7 (1962).

Лучший бомбардир: Виктор Себелев (1989—2004) — 83 гола (287 матчей) в чемпионатах и 3 (21) — в кубке.

Лучший бомбардир за сезон: Руслан Ахиджак — 18 голов в 21 матче (Вторая лига, Сибирь 1994), Денис Киселёв — 18 голов в 37 матчах (Первый дивизион 2004).